社伝によると嘉祥2（849）年3月、滋賀県大津市坂本の日吉大社より当時の宮司栗栖直祐郷が勧請という。
永正14（1518）年と天文15（1546）年の棟札が現存していることを紀伊続風土記に記される。
江戸時代は山王社といわれ、生馬村の産土神として崇敬されていた。
明治元年の神仏分離令から社名を日吉神社と改称し、明治6年4月村社となる。
同10年6月、村内の小社（稲荷神社、祗園神社、愛宕神社）を合祀した。
同40年4月、幣帛料供進社に指定。
同43年4月、一村一社の神社合祀から村内の神社（砂田・小西の虫遂神社2社、鳥渕の鳥渕神社、大宮の住吉神社、篠原の矢倉神社）を合祀した。
大正3年2月、会計法適用社に指定された。
昭和15年、皇紀2,600年記念事業として神殿の改築が行われ、同18年11月に完成した。
当神社に祀られている大山咋神和魂は、山の神様として広く知られている他、武神として古来より武士の信仰が厚かった事も様々な文献に記されており、また、安産守護・悪病除けの神符を人々に授け、その霊験のあらたかな事も知られている。
なお、造酒の神としても古来より酒造家の崇信あつく、遠方よりお参りに来る人の多かった模様も伝えられている。
特に、生馬地区民にとっては明治時代の村有林問題解決の際の御神徳は今も語りつがれている。
また、この神社より田辺市磯間の日吉神社、中辺路町北郡の日吉神社、日置川町安宅の日吉神社の各地に勧請分祀され、その地区の人々の信仰をあつめている。

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